O mundo está morrendo, incapaz de sustentar a vida. A família Ainsworth pode usar o Santo Graal para salvar a humanidade, mas o preço da salvação é o sacrifício da garota mágica Miyu — mas o irmão de Miyu, Shirou, não vai deixá-los levá-la sem lutar. Agora cabe a Illya intervir e encontrar uma solução que salve não apenas Miyu, mas o mundo inteiro da destruição iminente. Mas quando o preço pela salvação do mundo é a vida de uma única garota inocente, o que Illya escolherá?